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ODEX Enterprise nutzt eine MSDE Datenbank, um Geschäftsdaten zu speichern.  Die Dateien selbst werden in getrennten Ordnern unterhalb des Data Verzeichnisses des ODEX Installationsverzeichnisses aufbewahrt. MSDE wurde wegen seiner Stabilität und hohen Leistungsfähigkeit ausgewählt. Für noch bessere Performance ist MSDE auch vollständig skalierbar zum SQL Server, und kann so in bestehende back-up Routinen eingebunden werden. Systemspezifische Daten, wie Client Einstellungen, werden in Konfigurationsdateien gespeichert. Die Datenbank, Dateiordner und Konfigurationsdateien sollten alle regelmäßig gesichert werden.
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